学校高度重视新生入学教育，在2010年制定的《南京审计学院学生工作纲要》中提出了“四个一”的工作要求，即新生入学教育工作从时间跨度上要按第一周、第一月、第一学期、第一学年有步骤、有规律、有重点进行开展。

新生入学教育的内容主要包括校史校情、行为规范、学科专业教育育、学习方法指导、心理健康教育等。通过引导学生认知南审、适应南审，使学生充分认识从中学到大学转变的人生意义，懂得自己所肩负的使命和责任；帮助新生尽快适应校园环境和大学生活，养成良好的行为习惯，确立与大学生活相适应的思维习惯和生活方式；了解所学专业和人才培养方案，明确成才目标和大学期间的主要任务，正确规划大学四年的学习和生活，培养学生主动观察问题和解决问题的能力，为今后的成长与发展奠定坚实的基础。

新生入学教育的阶段包括：军训教育阶段，教育内容主要为军事技能训练，国防知识和军事理论教育，校园安全教育，集体观念教育；适应性教育阶段，教育内容主要为校史校情教育，行为规范教育，尊师重教教育，学籍管理教育，学习方法教育，大学生涯设计教育，心理健康教育，恋爱观教育等；专业教育阶段，教育内容主要为本学科发展历史、优势介绍，专业特色与前景介绍，学科带头人与师资，人才培养方案和核心课程，通识教育内容， 职业生涯规划教育等；巩固性教育阶段，在学年第二学期继续开展，巩固第一学期的教育内容。

新生入学教育可通过召开新生家长会、班级宣讲会、讨论交流、参观学习、系列讲座、观看录像、文体活动、知识测验等形式进行。